Spoiler içeriyor
New York Central Park Hayvanat Bahçesi’nde yaşayan dört yakın arkadaş vardır: gösterişi seven aslan Alex, özgürlüğü hayal eden zebra Marty, titiz ve hastalık hastası zürafa Melman ile neşeli su aygırı Gloria. Hayvanlar insanlara gösteri yaparak lüks bir yaşam sürmektedir, ancak…devamıNew York Central Park Hayvanat Bahçesi’nde yaşayan dört yakın arkadaş vardır: gösterişi seven aslan Alex, özgürlüğü hayal eden zebra Marty, titiz ve hastalık hastası zürafa Melman ile neşeli su aygırı Gloria. Hayvanlar insanlara gösteri yaparak lüks bir yaşam sürmektedir, ancak Marty 10. yaş gününde dışarıdaki “vahşi doğa”yı merak etmeye başlar. Hayvanat bahçesinin penguenleri —Skipper, Kowalski, Rico ve Private— gizlice Antarktika’ya kaçma planı yapmaktadır. Marty de bu fikirden etkilenir ve gece gizlice kaçarak New York sokaklarına çıkar.
Sabah arkadaşları onun kaybolduğunu fark edince panikler; Alex, Gloria ve Melman onu bulmak için şehir merkezine gider. Grand Central Terminal’de buluşurlar ama büyük bir karmaşa çıkar; insanlar korkar, polis gelir ve hayvanlar bayıltılarak yakalanır. Sonra hepsi, hayvan hakları savunucularının etkisiyle Afrika’daki bir hayvan rezervine gönderilmek üzere gemiye yüklenir.
Yolculuk sırasında, penguenler gemiyi ele geçirir ve rotayı Antarktika’ya çevirirler. Ancak kargo konteynerleriyle taşınan Alex, Marty, Gloria ve Melman bu sırada denize düşer ve Madagaskar Adası’na sürüklenirler. İlk başta nerede olduklarını bilmezler, hatta burayı “San Diego Hayvanat Bahçesi” sanırlar. Ancak kısa sürede doğada olduklarını anlarlar.
Adada, eğlenceyi seven lemurların lideri Kral Julien XIII, yardımcısı Maurice ve sevimli küçük lemur Mort ile tanışırlar. Julien, onları memnuniyetle karşılar çünkü yeni gelen bu “büyük hayvanlar” leopar fosillerine benzeyen Fossa adlı yırtıcılara karşı adayı koruyabilecek güçtedir. Hayvanlar bir süre adada kalmaya karar verir. Marty doğada yaşamaktan mutludur; özgürce koşar, denize girer. Ancak şehirde lüks içinde yaşamaya alışmış olan Alex ise avlanamadığı için aç kalır. Zaman geçtikçe Alex’in içgüdüleri uyanır; o, evcil bir hayvanat bahçesi aslanı olsa da doğası gereği bir etoburdur. Açlığını bastıramaz hale gelir ve istemeden arkadaşlarına, özellikle Marty’ye zarar verebilecek duruma gelir. Bir gece açlık krizine girip Marty’nin poposuna ısırık atınca, arkadaşlıkları bozulur ve Alex kendini korkunç hisseder. Vicdan azabıyla ormanın derinliklerine kaçar.
Bu sırada penguenler tekrar ortaya çıkar; Antarktika’nın soğuk olduğunu anlayıp geri dönmüşlerdir. Onların yardımıyla diğer hayvanlar Alex’i bulmaya gider. Ancak o artık tamamen vahşi bir aslana dönüşmüştür. Marty, dostluğuna güvenerek Alex’in yanına yaklaşır ve onu sakinleştirmeyi başarır. Sonunda Alex içgüdülerine hâkim olur ve Fossa’ların lemurlara saldırdığı anda kahramanca müdahale eder, onları korkutup kaçırtır. Böylece dostluk yeniden güçlenir.
Filmin sonunda Alex ve arkadaşları, penguenlerin ele geçirdiği gemiyle New York’a dönmeye karar verirler. Ancak film, geminin yakıtının bitmesiyle Madagaskar’da mahsur kalmaları sahnesinde biter — bu da ikinci filmin (Madagaskar 2: Afrika’dan Kaçış) zeminini hazırlar.